Vilniaus Baltupių progimnazijos vykdomi projektai 2023-2024 m. m. Projektas „Erasmus+“ Projektas „Medžiai“ Projektas „Mokyklų aprūpinimas gamtos ir technologinių mokslų priemonėmis“ Tarptautinis tyrimas „Įsitrauk“ Informatika pradiniame ugdyme Mokėk plaukti ir saugiai elgtis vandenyje Šviečiamoji gyvulininkystės programa „Gyvulininkystė ir aš“ Šiuolaikiškas matematinių gebėjimų ugdymas ir pažangos stebėsena Eduten Playgraund platformoje Fenomenais grįstas ugdymas. „Miškas“ Europos Sąjungos „Vaisių ir daržovių bei pieno ir pieno produktų vartojimo skatinimo ugdymo įstaigose programa" Atvirų techninių kūrybinių FabLab dirbtuvių steigimas, įveiklinimas ir tinklo kūrimas Vilniaus mokyklose Projektas „Vilniaus pokyčių mokyklos“
